A prágai egyetemen tanult bölcsészetet, s szerzett doktorátust. Ezután Prágában, a csehországi legfelső bányászati és pénzverészeti hivatalnál lép kincstári szolgálatba, ahol - néhány év után - a hivatal több évszázados iratanyagának rendezésével bízták meg. 1763-72 között a prágai egyetemen létesített bányászati-bányajogi tanszék tanára. 1772-77 között a selmeci akadémia bányászati tanszékének tanára, bányatanácsosi rangban. 1777-91-ben a bécsi bányászati és pénzverészeti udvari kamaránál udvari tanácsos. 1791-tól a birodalom bányászatának-kohászatának főfelügyelője.
Peithner 1761-ben készített javaslata indítja el a felsőfokú bányászati-kohászati képzés megszervezését, melynek eredményeként 1763-ban Selmecen megalapítják az akadémia első tanszékét. (A prágai bányászati tanszék, melyen csak elméleti képzés folyt, Peithner Selmecre helyezésével véglegesen meg is szűnt.) 1774-76-ban a kincstár megvásárolja az akadémia részére, Peithner rendkívül értékes, alapvető bányászati, kohászati és természettudományos műveket tartalmazó, 1392 kötetből álló könyvgyűjteményét. A Peithner-könyvtár vetette meg egyetemünk, ma már világhírűvé vált Selmeci Műemlékkönyvtárának alapját. Számos kiadatlan, kéziratos műve is fönnmaradt.