Gimnáziumba Antwerpenben járt. Utána egyetemi filozófiai, orvosi, kémiai és botanikai tanulmányokat folytatott Leidenben, Párizsban, majd 1752-től kezdve Bécsben. 1752 és 1755 között orvosi gyakorlatot folytatott Bécsben, mellette azonban elkészítette a schönbrunni császári palota kertje növényeinek jegyzékét is az akkor teljesen újnak számító Linné-féle rendszer alapján, majd ennek elismeréseképpen a császárnőtől megbízást kap a császári kertek rendezésére. Külföldi tanulmányutakra utazott, majd létrehozta a botanikus kertet amelynek első igazgatója volt, miközben az egyetemen kémiai előadásokat tartott.
1763 és 1769 között a bányászati és kohászati oktatás reformja keretében Mária Terézia által rendelettel Bányászati és Kohászati Akadémiává (hivatalos nevén Bergakademie-vé) fejlesztett tanintézmény első professzora volt. 1765-ben Selmecen házasságot kötött, és fia született. 1764. szept. 1.-én egyéves felkészülés (a tanszék, a laboratórium és az ásványgyűjtemény megszervezése) után kezdte meg a kémiai előadásokat. Ezek anyaga „Collegia Chymica” cimmel 1766-ban jelent meg: 508 oldal elméleti és 357 oldal gyakorlati résszel.

1769 és 1797 között a bécsi Egyetem Kémiai és Botanikai Tanszékének professzora. Ez idő alatt nagy szakirodalmi tevékenységet fejt ki, mind a kémia, de főként a botanika terén, Európa vezető tudósai között tartják számon.
Tagjává választotta a bécsi, szentpétervári, az uppsalai és a stockholmi akadémia, a párizsi és baseli orvostársaság stb.
1783-ban megjelent az „Anfangsgründe der medizinisch-practischen Chemie” c. műve, ami a kor legeredményesebb ilyen tárgyú tankönyvének bizonyul. 1806-ban kitüntetik a Szent István-rend lovagkeresztjével és ezzel együtt bárói rangra is emelkedik. 1809-ben a bécsi Egyetem rektora. 1815-ben kitüntetik a dán Danebrog rendjellel. 1817 október 26-án, 90 éves korában, Bécsben távozik az élők sorából.
Selmecen az ő laboratóriumi oktatási irányát továbbvivő G. Scopoli és Rupprecht Antal módszereit vették át a világ első műszaki egyetemének, a párizsi École Polytechniquenek megszervezésekor 1794-ben.
A selmeci Bányászati Akadémia 1763-ban indult kezdeti néhány évtizede a magyarországi kémiai tudományos kutatás bölcsőjét jelentette, aminek első, kiváló képviselője Jacquin volt.